1520年，丹麦国王克里斯蒂安二世进入瑞典首都斯德哥尔摩平息了一场独立运动。随后，本地贵族出身的古斯塔夫·瓦萨在达拉纳省组织反抗联盟国家的运动。很快，反抗丹麦统治的势力控制了瑞典的大部分地区。抵抗运动得到了与丹麦敌对的汉萨同盟盟主城邦吕贝克的援助，攻入斯德哥尔摩。
1523年，丹麦军队镇压武装反抗失败。瑞典获得独立，古斯塔夫·瓦萨被选为瑞典国王，建立了瓦萨王朝。挪威继续则留在联盟内，成为丹麦的一个政区，而瑞典的南部沿海地区仍在丹麦控制之下。即位之后，古斯塔夫·瓦萨宣布与吕贝克断绝关系。
1593年，路德宗成为瑞典国教。
北海争霸时期
16世纪，瑞典经过几次战争，打败了丹麦、波兰的军队，成为北欧的军事霸权。在30年战争期间，瑞典加入新教阵营参战，并派兵深入神圣罗马帝国腹地。
1632年，国王古斯塔夫二世·阿道夫在吕岑战役中阵亡。1634年，瑞典军队在纳德林根战役中战败，撤回国内。1642年，瑞典再次出兵德意志。1648年，法国与瑞典联军最终战胜神圣罗马帝国，签订了《威斯特伐利亚和约》，战争结束。瑞典得到了德意志领土前波美拉尼亚、维斯马、威尔登和不来梅。30年战争后，瑞典在波罗的海的势力达到顶峰。
1625年，瑞典控制了利沃尼亚。1654至1719年，为瑞典的强盛时期，领土包括现芬兰、爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛以及俄国、波兰和德国的波罗的海沿岸地区。1658年，瑞典从丹麦手里收复了南部沿海的斯科讷、布勒金厄等地。1700年，俄国、丹麦、波兰结盟与瑞典交战，大北方战争开始。1709年，瑞典国王卡尔十二世的军队在今乌克兰境内的波尔塔瓦被俄国沙皇彼得一世击溃，逃至奥斯曼帝国。俄国开始取代瑞典成为北欧及波罗的海地区的新兴强国。1721年瑞典战败，丧失了波罗的海属地及其军事强国地位。利沃尼亚地区被并入俄国。
1809年，瑞典败于俄国后被迫割让芬兰。沙皇亚历山大一世兼任芬兰大公。
拿破仑战争
1813年，瑞典正式加入反法同盟，参加拿破仑战争。1814年1月14日，丹麦与瑞典签订《基尔条约》，丹麦将挪威割让予瑞典。挪威乘机宣布独立并颁布了宪法。瑞典对其发动战争，挪威被迫同意作为一个国家臣服于瑞典国王，结成瑞挪联盟。
近现代
1905年，挪威脱离联盟独立。瑞典在两次世界大战中均守中立，未参战。
