此后，尊氏占据镰仓，拒不回京。建武三年(1336年)，尊氏率军攻入京都，拥持明院统丰仁亲王为光明天皇，改年号为延元元年，并受封征夷大，建立 室町幕府。
日本足利尊氏介绍
足利尊氏(1305年-1358年)，室町幕府的第一代征夷大(1338年-1358年)。原名足利高氏，幼名又太郎。镰仓幕府灭亡后，由后醍醐天皇赐名为尊氏。由于足利尊氏在镰仓反叛后醍醐天皇，后来又攻入京都流放天皇，因此被水户学的儒学学者们当作逆贼。
足利尊氏(あしかが たかうじ)一族本是河内源氏义家流嫡系子孙，自北条氏得到 镰仓幕府执权之职后，足利氏备受屈辱。传说足利氏先祖义家曾有遗书，希望自己的第七代孙取得天下，以雪屈辱之恨。可是，到第七代孙家时(即尊氏的祖父)之时，未能实现先祖遗言。一天，家时祈求八幡菩萨，愿他的三代子孙中能有人实现先祖的遗愿，然后，含恨剖腹自杀。
日本足利尊氏
正庆二年(1333年)，尊氏受镰仓幕府之命出征。尊氏到达三河后，暂时停止进军，密派心腹 细川和氏与上杉重能到伯耆船上山谒见 后醍醐天皇。后醍醐天皇遂颁旨让尊氏速起兵倒幕。尊氏接旨后于丹波国八幡宫向全军明确宣布讨幕，并于五月七日与 赤松则村、 千种忠显配合，一举攻下京都六波罗府。五月二十五日，幕府在九州的的据点亦被彻底消灭，镰仓幕府灭亡。
建武政权建立后，尊氏要求获得“ 征夷大”的称号，未获批准。此外，后醍醐天皇对尊氏的权力加以种种限制。尊氏与 建武政权之间的裂痕进一步加深。
建武二年(1335年)七月，“中先代之乱”爆发，原镰仓幕府执权北条高时之子北条时行于信浓举兵攻入镰仓。尊氏率军与其弟 足利直义会合，大破镰仓军。
此后，尊氏占据镰仓，拒不回京。建武三年(1336年)，尊氏率军攻入京都，拥持明院统丰仁亲王为光明天皇，改年号为延元元年，并受封征夷大，建立 室町幕府。
在尊氏进京前，后醍醐天皇已逃入吉野山，并建立了南朝政权，与室町幕府相对抗。直到室町幕府第三代足利义满执权时，才将两朝统一。这之间的几十年间，被史学家称为“ 南北朝时代”。
后人评价：
江户时代德川光圀在编纂《大日本史》时，将他列入逆臣之中。明治时代后，由于受到皇国史观的影响，足利尊氏被日本政府当作逆贼。但二战以后日本人的历史观出现了变化，部分历史学家对其作出了肯定评价。
