《显微镜下的大明》讲述了数学天才帅家默从县衙税簿意外发现，该县承担了周围七县此前百余年的丝绢税负，由此开启从县衙到府衙乃至更高行政单位的拨乱反正之路。
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万历年间，一位数学天才突然对税粮户籍产生了浓厚兴趣，学霸找到机会接触到了这些官府账册，他开始高高兴兴地对着账册开始做起了数学题。
很快，学霸在徽州的历年赋税中找到了一个一点：徽州府每年要向南京缴纳“人丁丝绢”8780匹生绢，而令人不解是，这笔巨额的税支全部有歙县负担，而徽州府下的其他五县则没有这一项税支。
从这个疑点开始，一场由于不公正税收引发的旷日持久的混乱正式拉开序幕。这场骚乱规模不算大，动静却不算小，前前后后持续了将近十年，将当地百姓、乡绅、府县官吏、巡抚、巡按乃至户部尚书与当朝首辅都卷入其中。
各大利益集团各怀心思，彼此算计、妥协，充分展示了明朝的决策如何出，地方如何执行、官场规则如何运作、利益集团如何运作。
张若昀在里面饰演帅嘉谟，因为它是错的，需要纠正，仅此而已。一个从小就痴迷算学的天才，算学速度又快又准，他一看数字有问题就会头疼欲裂，因而完全无法容忍错误的存在，在旁人看来他偏执的近乎有些呆傻，不通人情世故，与周围环境格格不入，但却有一颗赤子之心。
王阳在剧中饰演程任卿，给我多少银两，还你多少公道。一个精通律法的铁嘴状师，在大明的律法上造诣颇高，能言善词，巧舌如簧，八面玲珑，生活奢靡风流，完全不在乎世俗名声，名言是：给我多少银两，还你多少公道。他曾经是金华府最优秀的书生，却因为被官宦子弟顶替了中举名额而一蹶不振，改行做了状师，他深谙世事，审时度势，手段颇多，能从细微之处按图所骥找到对手的薄弱之处，击败对方。
吴刚饰演的是当地的富绅贵族范渊，曾经在朝廷中中枢担任御史之职，风光无限，他退休后回到金华老家，很快便建立起由退休官僚与当地富商组成的乡绅关系网络。他表面上把自己打扮成善长仁翁，骨子里却只想着自己的利益。在他的带领下，当地乡绅勾结官府，豢养打手，兼并普通百姓的田地，又通过种种手法躲避税赋，如果谁触动了他的利益，会毫不犹豫的刺手处理。
