1.杀死凶手奥斯瓦尔德的杰克·鲁比和奥斯瓦尔德曾经都是中情局反卡斯特罗工作部门的特工。
2.确定奥斯瓦尔德为凶手时距离案发不到十分钟。
3.副总统林登·约翰逊曾被曝出年轻时曾是3k党成员，而杰克鲁比则是黑手党成员。
4.刺杀案当天美国联邦调查局局长胡佛在备忘录中表达了阴谋论扩散的担忧。
5.奥斯瓦尔德曾被监听同苏联克格勃通话，但遇刺案发生后苏联官方对此事极为震惊。
6.奥斯瓦尔德被捕后，联邦调查局曾对警方表示过有威胁称要杀死奥斯瓦尔德，但警方并未作出任何反应。
7.联邦调查局在约翰?肯尼迪当选美国总统之前的一份备忘中提到，有私家侦探弗雷德企图监视当时还在担任参议员的约翰?肯尼迪。
8.肯尼迪遇刺前25分钟，英国报纸Cambridge News收到匿名电话，称美国将有重大新闻发生。
9.遇刺案发生后两年多，就总统遇刺组成的众议院调查委员会内部就总共发射几枚子弹分歧严重，其中有人主张奥斯瓦尔德开了三枪，而有目击者看见有一名身份不明者从总统专车前方的草丘处开了一枪。
10.肯尼迪遇刺后，凡是要重启调查的人（并非证人）都没有好下场，肯尼迪总统的弟弟罗伯特·肯尼迪声称要为哥哥的死而参加总统竞选，遭到联邦调查局威胁声称有证据表明他杀死了他的情妇玛丽莲·梦露。罗伯特·肯尼迪并未在意，后也遭到刺杀。美国前总统特朗普曾在2018年表示要公开肯尼迪总统遇刺案的档案，遭到否决后，其连任选举对手也出现了舞弊丑闻，并且最终特朗普不仅没能获得连任，还差点被弹劾。
肯尼迪总统
前克格勃策划说
这一论点来自奥斯瓦尔德曾与克格勃有过密切接触的实际情况，但是有资料表明，当时克格勃并没有很重视奥斯瓦尔德。在案发后，克格勃不仅否认曾经参与行动，还特地严肃调查了所有与奥斯瓦尔德在苏联有过接触的人，并向美国政府提供了可信的资料，最终获得了《沃伦报告》的认可。
保镖误杀说
在电视片《JFK：冒烟的枪口》里，讲述了对造成总统死亡的另一种推测。片中一位来自澳大利亚的退休探长用了4年时间，认真的研究档案材料，一次又一次勘查现场，并且借助现代先进技术，分析当时的枪声、总统中枪的部位和弹道痕迹。探长认为，杀手的枪一响，正在总统车后的特勤局保卫人员震惊中拔枪反击，却不慎忙中走火，而他射出的子弹正好击中了肯尼迪的右后脑，致他死命。
越南战争和军火商人反对说
上个世纪中叶，美国在越南旷日持久的战争令人积怨已久，越南爱国人士和国际反战组织也许有理由联系和收买曾经在前苏联居住、同情社会主义的奥斯瓦尔德出手。而美国的军火商人则从另一个角度看待这场战争。在肯尼迪总统的竞选议题中，有在下一个任期内寻求停战的意愿，而停战就意味着军火商要失去财源了，所以除掉肯尼迪是保卫“钱袋”最直接也最快捷的方式。
副总统和国内权势联手说
在肯尼迪被宣布死亡后，他的竞选伙伴，时任副总统的林顿?约翰逊就在空军一号飞机上，宣誓就任美国第36届总统，当时有肯尼迪夫人在旁的见证。肯尼迪夫人在去世后留下了一份录音指出，约翰逊是杀害肯尼迪的幕后黑手。
肯尼迪夫人列举的证据说，约翰逊的支持者是南方的大资本家和大农场主，约翰逊出生在得州，他正是凭借得克萨斯这些亿万富翁的资助，才获得了政治资本，所以也必然要为他们说话。肯尼迪总统在1963年宣布要改革美国的税收政策，直接触犯了得州石油垄断集团的利益，于是他们密谋干掉肯尼迪，要把副总统“扶正”。肯尼迪夫人说，有证据是约翰逊力邀肯尼迪到达拉斯去，在那里他的人脉和熟悉程度，都有利于他动手。
同样指证约翰逊的还有中情局老牌特工、水门事件“军师”霍华德?亨特，和约翰逊的秘密情妇马德莱娜。
亨特于2009年1月23日去世，各界一致感慨：他把天大的秘密带进了坟墓！英媒在当年4月15日称，亨特并没有带走所有的秘密，他在死前向他的大儿子披露了一些绝密内幕，其中包括美国肯尼迪遇刺的真相：当时的美国副总统约翰逊下了黑手！
亨特临死前递给儿子两大页密密麻麻写满字的纸，上面有许多人的名字和对相关事宜的解释。亨特一字一句地说：“这就是副总统林登?约翰逊刺杀肯尼迪的真相！”
马德莱娜于约翰逊死后，在她自己的垂暮之年回忆，在肯尼迪遇刺后，约翰逊对她说：“我们赢了战争。”马德莱娜心领神会，他说的就是除掉了肯尼迪。
1963年11月22日约翰·肯尼迪遇刺案后，诞生了许多阴谋论的说法，至今仍被热议。其对象包括中央情报局、联邦调查局、苏联国家安全委员会、美国黑手党、时任美国副总统林登·约翰逊、古巴共和国领导人菲德尔·卡斯特罗、希腊船王亚里士多德·奥纳西斯、罗斯柴尔德家族、越南共和国前总统吴廷琰的支持者、美国极右派人士、美联储、军事工业复合体以及大财阀。
前洛杉矶地区检察官文森特·布格里奥西估计，在各种肯尼迪暗杀阴谋论中，共有 42 个团体、82 名刺客和 214 人被指控。
