至元初年，元世祖忽必烈巩固对华夏汉地的统治后，立刻着手恢复大汗对西道诸王的政治掌握。
他诏令窝阔台后王海都入觐，把察合台系诸王八剌从朝廷派回察合台兀鲁思，掌握本地事态。海都拒不入朝，至元五年(1268)，在按台山挑起兵端。返回中亚夺得察合台兀鲁思汗位的八剌也为争夺斡端(今新疆和田)与元朝开战。
六年，海都、八剌和术赤后王忙哥贴木儿在答剌速河谷举办忽里台，划分各安闲中亚草原的势力局限和河中农耕区的财赋收入，结合否决大汗和伊利汗阿八哈。
至元八年，忽必烈命皇子北平王那木罕出镇阿力麻里(今新疆霍城西北克根河西岸)。此后，元当局接纳置驿、遣使安抚、设畏兀儿断事官等办法，络续增强对天山南北的统治，贪图相机西进。
十三年，那木罕所部宗王昔里吉等兵变，械系那木罕与安童，逾按台山占领吉利吉思，并于次年分道东进。八月，伯颜率元军破昔里吉于鄂尔浑河。
战事陆续五年之久，元军虽收复岭北，海都在畏兀儿之西的势力却敏捷成长起来。
二十二年，海都拥立的察合台兀鲁思汗笃哇围畏兀儿首都火州，大掠撤退兵，今后又一连抨击畏兀儿区域。
二十四年，东道诸王以斡赤斤后王乃颜为首，又在辽东兵变。忽必烈亲征，败叛军主力，擒乃颜。次年，诸王合丹等复叛，被元军击溃东逃，数年后败亡。
二十五年，海都、笃哇举兵东犯，二十年春，掠称海，至杭海山，击败镇边宗王那木罕以及甘麻剌，进据和林(今蒙前人民共和国哈尔和林)。
忽必烈最后一次率军亲征，复和林，留伯颜镇守。至元之末，元当局已显着地收缩了天山南部的防地，在岭北顺利地将海都逐出按台山，牢靠地掌握了视宗“肇基之地”。
忽必烈身后，皇太子真金之子铁穆耳即位，是为成宗。元贞二年(1296)秋，西北诸王药木忽儿，兀鲁思不花粮匮厌乱，归投于元廷。
后从盛德元年(1297)至四年，元军与海都、笃哇在北地屡次比武。五年，皇侄海山与上将床兀儿等与海都、笃哇吃力战铁坚古山。海都先胜后败，与笃哇退出岭北，不久病死。
