巢虫的天敌有很多，如果是按照自然界来说，微生物中的球孢白僵菌、线虫等都是巢虫的天敌，而如果是从昆虫这方面来说，那么寄生蜂也是能够非常有效控制巢虫生长的手段，比如蜡螟绒萤蜂、麦蛾绒萤蜂以及蜡螟大腿小蜂等。
1. 球孢白僵菌
球孢白僵菌是一种专门针对昆虫的杀虫类真菌，它能够感染的昆虫种类非常多，包括了700多种，而巢虫作为蜜蜂的天敌，可以说很多蜂农都非常想要根除巢虫，而巢虫一旦感染了球孢白僵菌，那么它体内就会产生大量的白僵素，从而打乱虫体的新陈代谢，导致其中毒死亡，所以说白僵菌是巢虫的天敌也不为过。
2. 线虫
线虫是一种寄生动物，基本上都是依靠着节肢动物来生存，它们都在海水环境或者土壤环境中出现，将卵产在昆虫的体内，等到幼体不断的在昆虫体内长大之后，就会突破昆虫的肚皮，最终再次回到水中长成成体，而这种线虫不仅是巢虫的天敌，也可以说是所有昆虫的天敌。
3. 寄生蜂
寄生蜂可以说是大部分昆虫的天敌，比如星天牛的天敌就是它，而巢虫当然也是抵抗不了的，寄生蜂大多是寄生于昆虫的幼虫、蛹的体内生长，而在这之前，寄生蜂会给宿主注射一种有毒物质最终麻痹它，从而在宿主无法动弹的时候，寄生蜂就能够顺利的将卵注入宿主的体内，而宿主最终 也会因为寄生蜂幼虫将其营养吸收殆尽而死亡。
寄生蜂中对巢虫有威胁的就是蜡螟绒萤蜂以及麦蛾绒萤蜂等，尤其是在巢虫高发期的时候，蜂农们就会在蜂巢中放入这种寄生蜂，以此来控制巢虫的数量，当然也并不是只有寄生蜂才可以，还有部分蚂蚁也是巢虫的天敌之一，比如红火蚁、大头蚁等。
